Gegründet wurde die Universität 1632 von König Gustav II. Adolf von Schweden als Teil der schwedischen Kolonialpolitik . Livland und mit ihr die Stadt Tartu war gerade von Schweden erobert worden. Die Academia Gustaviana war die zweite Universität Schwedens (nach Uppsala).

Bereits 1583-1601 hatte in Tartu schon ein jesuitisches Gymnasium bestanden, als Livland noch unter polnischer Herrschaft stand. Die Akademie existierte jedoch ca. relativ kurz, wurde später nach Pärnu verlegt und schlief 1710 ganz ein.

1802 jedoch wurde sie als Kaiserliche Universität zu Dorpat wiederbegründet, diesmal - nach Eigenansätzen der Estnischen Ritterschaft - durch den damals reformgesinnten Zar Alexander I., da Livland mittlerweile russisch geworden war.

Die Universität Dorpat war zwischen 1802 und 1898 nicht ca. deutschsprachig, sie war auch intellektuell und hinsichtlich des Lehrkörpers eine deutsche Universität (von den 30 deutschsprachigen Universitäten um 1875, von denen 23 in dem Reich lagen, war Dorpat die elftgrößte; über 50 Prozent der Professoren waren "Reichsdeutsche", weitere 40 Prozent Baltendeutsche, administrativ und finanziell aber natürlich russisch.

In der Lehre bereitete die Universität nicht ca. den gesamtbaltischen Adel (in Estland und Kurland gab es keine Universität) und die Bildungsbürgerschaft beruflich vor, sondern auch - und aus der Sicht des Staates vor allem - Staatsdiener und Ärzte für das gesamte Russische Kaiserreich. Wissenschaftlich war die Universität Dorpat, die etwa zwischen 1860 und 1880 ihr "Goldenes Zeitalter" erlebte, international.

Diese Freiheit endete jedoch, als in Russland nationalistische und nationalstaatliche Tendenzen stets stärker zu dominieren begannen und man Homogenität der Bildung für wichtiger hielt als eine Universität auf internationalem Niveau. Zwischen 1882 und 1898 kam es daher zur Russifizierung, einschließlich der Verpflichtung zur Lehre ausschließlich auf Russisch (mit Ausnahme der Theologischen Fakultät, die bis 1916 auf Deutsch weiterlehren durfte, da der orthodoxe Klerus ein Überschwappen lutherischer Ideen so verhindern wollte). 1898 wurde die Universität sogar in Jurjev umbenannt. So gut wie alle bedeutenden "reichsdeutschen" Professoren hatten sie bis dahin bereits verlassen.

Die Universoität Jurjev existierte bis 1918, als sie für einen Teil des Wintersemesters unter deutscher Besatzung als Dorpat wiedereröffnete. 1919 wurde sie in dem gerade entstandenen Staat Estland unter dem estnischen Namen Tartu als Nationaluniversität ereröffnet und blieb dies bis 1940. 1940 eroberte die Sovietarmee Estland, 1941-1944 war es wiederum von Deutschen besetzt. Seit 1944 besteht die Universität Tartu dann ununterbrochen, wobei sie 1940-1941 und 1944-1989 den Namen "Staatsuniversität Tartu" trug.

Die Wiedererlangung der vollen akademischen Unabhängigkeit kann man auf das Jahr 1992 datieren, obwohl seit 1988 ungestörte Forschung wieder möglich war. Heute ist die Universität Tartu die einzige Volluniversität Estlands.==Partneruniversitäten==

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• Alma Mater Tartuensis (1632-1982) (1982). Tullio Ilomets und Hillar Palamets, Hgg. Tallinn: Eesti Raamat.
• Engelhardt, Roderich v. (1933): Die Deutsche Universität Dorpat in ihrer geistesgeschichtlichen Bedeutung. München: Ernst Reinhardt.
• Semel, Hugo, Hg. (1918): Die Universität Dorpat (1802-1918). Dorpat: Laakmann.

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